Gli osservatori
Tutti i punti di osservazioni presenti all'Isola della Cona sono stati progettati e costruiti cercando un elevata compatibilità ambientale, dal disegno, riprendendo forme e metodi costruttivi della tradizione lagunare locale, ai materiali utilizzati per la costruzione in modo da ridurre al minimo l'impatto visivo e naturalistico.
Per permettere un contatto visivo ravvicinato con la fauna selvatica presente tutte le strutture sono concepite in modo da non creare disturbo e di non essere visti direttamente "dal punto di vista degli animali".

Osservatorio del Museo dell'Anatra
Nei piani superiori della struttura che ospita il Bar e il punto di ristoro "al Pettirosso" sono stati allestiti spazzi appositi per il birdwatching. Lo sguardo sull'area del Ripristino e un binocolo professionale messo a disposizione gratuita dei visitatori permette di osservare senza arrecare disturbo agli animali.
Un primo sguardo alla riserva, perfetto per visite brevissime o rilassanti, gruppi o singoli con problemi di accessiblità (una rampa permette l'ingresso a persone disabili fino al primo piano della struttura).

Marinetta
È un osservatorio costruito su tre piani, realizzato secondo il modello del tipico "casone" lagunare e  attrezzato anche per l'osservazione subacquea.
Il primo piano si trova sotto il livello dell'acqua e consente quindi di osservare, attraverso delle vetrate, la forme di vita sommerse, la vegetazione, gli animali.
Il secondo piano è predisposto invece per l'osservazione dell'ambiente in superficie: lo sguardo può spaziare verso gli stagni, l'area del Ripristino, e spingersi in lontananza, fino al Golfo di Trieste. Ci sono anche alcuni binocoli, per chi vuole osservare l'avifauna, e alcuni cartelloni ricchi di informazioni anche per i neofiti del birdwatching.
Il terzo piano offre una visuale ancora più ampia ed è davvero l'ideale per l' osservazione degli uccelli.

Cjos
Lo si raggiunge dopo circa un'ora di cammino. Dopo aver percorso il sentiero del Mondo Unito, dopo aver attraversato boschetti, osservato la vegetazione e costeggiato il pascolo del Biancospino. Dopo aver ammirato orchidee e giunco marittimo.
Il Cjos è un casone più piccolo, rispetto alla Marinetta. È dotato di numerose finestrelle, dalle quali si può guardare in lontananza gli uccelli che popolano le barene. Rispetto alla Marinetta si possono osservare habitat e specie di uccelli diversi.